1977年，邓小平同志提出管理现代化的重要思想。1978年，管理现代化被列为全国科学发展规划第107项。

1978年4月1日，周培源同志在全国科协主席团扩大会议上提出，拟成立“科学管理现代化研究会”。由此，由全国科协、计委经济所、北京经济管理学院、中国社会科学院工业经济所联合组成“经济管理协作组”开始着手筹建工作。

经国务院批准，全国科协于1978年11月15日正式成立中国管理现代化研究会。同年，在国家科委和全国科协联合召开的全国技术经济和管理现代化研究规划工作会议上，制定并通过了《中国管理现代化研究会暂行组织办法》，选举产生学会首届干事会成员。1991年5月，学会向国家民政部申请复查登记为社会团体法人。

学会原挂靠中国科学院数学与系统科学研究院。2005年，经中国科学院批准，挂靠单位及办公地点迁至中国科学院大学（原中国科学院研究生院）。2005年，学会在北京举行第四次全国会员代表大会，对理事会进行了大规模换届重组，推选成思危先生为学会理事长，广泛吸收国内各高校经管学院、商学院、公共管理学院及相关科研院所及优秀管理学者加入，在学科构成上兼顾工商管理、管理科学与工程、公共管理、农林经济等诸多学科方向。使学会真正成为中国管理学界、企业、政府及其他各类组织科技工作者、管理者和管理科学爱好者交流、合作的平台。

学会坚持民主办会原则，贯彻“百花齐放、百家争鸣”的方针。学会成立初期常设机构为干事会。1981年12月15日，第三次全体干事会决定将“干事会”更名为“理事会”，正、副总干事改称正、副理事长。2010年11月，学会在大连召开第五次全国会员代表大会，推选赵纯均教授为第五届理事会理事长。2015年11月，在合肥举行的第六次全国会员代表大会选举出第六届理事会，选举赵纯均教授为名誉理事长，李维安、石勇、席酉民、杨善林、张维为联职理事长，赵景华为秘书长。2018年1月，学会成立党委，赵景华兼学会党委书记。截止到目前，学会共下设28个专业委员会和2个工作委员会，171名理事，其中常务理事59名。